داستان فیلم “استانبول زیر بالهای من” در قرن هفدهم می گذرد. هزارفن احمد چلبی و لاگری حسن چلبی در تلاشند راهی برای پرواز مانند پرنده بیابند. در همین حال، یک کشتی ونیزی که توسط دزدان دریایی الجزایری اسیر شده بود به استانبول آورده می شود. یکی از آنهایی که در کشتی است دختری است که دست نوشته ای در دست دارد که پرواز را نشان می دهد. دست نوشته ای که هزارفن به دستش رسیده توسط هیچکس قابل رمزگشایی نیست.هزارفن و حسن در حال معاینه جسد (به طور غیرقانونی) دستگیر و به اعدام فرستاده می شوند.با دخالت سلطان به دربار معرفی می شوند. حسن استدلال می کند که تحقیقات او ضروری است و استدلال می کند که دولت عثمانی می تواند برای شکست دادن دشمنانش مورد استفاده قرار گیرد. سلطان مورات آزمایش بر روی بدن انسان های مرده را ممنوع می کند، اما تحقیقات این دو در مورد پرواز را جدی می گیرد. بعدها دختری به نام هزارفن و فرانسکا عاشق یکدیگر می شوند.
